Leszek Kołakowski początkowo dostrzegał w myśleniu Tomasza z Akwinu pewien rodzaj filozofii politycznej, która sakralizowała kościelne struktury władzy. Metafizyka przyczyn drugich miała filozoficznie uzasadniać, że rzeczywistość jest całkowicie podporządkowana Bogu, którego jedynym reprezentantem w doczesności jest instytucja Kościoła. Podobnie epistemologiczne postulaty tomizmu, opisujące relację wiary i wiedzy, miały za zadanie podkreślać nadrzędność twierdzeń wynikających z Objawienia – przy zachowaniu nieznacznej autonomii nauk szczegółowych. W późniejszych latach radomski filozof potrafił spojrzeć na Tomasza w sposób bardziej obiektywny, odcinając się od wcześniejszej ideologicznej oceny. Metafizyka przyczyn drugich, już niepolitycznie interpretowana, pozwala uzasadnić względną autonomię rzeczywistości stworzonej. Również relacja wiedzy i wiary opiera się na metodologicznej niezależności a napięcia pojawiają się tam, gdzie przekroczone zostaną kompetencje poznawcze.