Bugajak G. „Rozum a wiara” – problem separacji dyscyplin, Studia Philosophiae Christianae 43(2007)2, 132-148.
Bugajak G., (rec.) J. Gribbin, In Search of the Big Bang. The Life and Death of the Universe, London 1998, Studia Philosophiae Christianae 35(1999)1, 319-324.
Bugajak G., (rec.) Roger G. Newton, Thinking about Physics, Princeton UP, Princeton, New Jersey 2000, Studia Philosophiae Christianae 38(2002)2, 175-180.
Bugajak G., „Adamie, gdzie jesteś?” Kilka uwag o istocie człowieczeństwa, w: Teologiczna, filozoficzna i naukowa wizja człowieka, red. P. Moskal, Wydawnictwo KUL, Lublin 2018, 83-98.
Bugajak G., Adekwatność tezy o rozdzielności płaszczyzn poznawczych. Głos w imieniu mieszkańców „opancerzonego bunkra”, w: Filozofia − nauka − religia. Księga jubileuszowa dedykowana Profesorowi Kazimierzowi Jodkowskiemu z okazji 40-lecia pracy naukowej, red. P. Bylica, K.J. Kilian, R. Piotrowski, D. Sagan, Oficyna Wydawnicza Uniwersytetu Zielonogórskiego, Zielona Góra 2015, 173-190.
Bugajak G., Causality and Determinism in Modern Physics, w: Knowledge and Values, red. A. Świeżyński, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2011, 73-94.
Bugajak G., Czy ludzie wierzący mogą uznawać teorię ewolucji?, w: Wierzyć i rozumieć, red. G. Dziewulski, M. Marczak, A. Perzyński, J. Wolski, Archidiecezjalne Wydawnictwo Łódzkie, Łódź 2013, 53–56.
Bugajak G., Czy Pan Bóg rzeczywiście stworzył świat?, w: Wierzyć i rozumieć, red. G. Dziewulski, M. Marczak, A. Perzyński, J. Wolski, Archidiecezjalne Wydawnictwo Łódzkie, Łódź 2013, 45–48.
Bugajak G., Czy procesy naturalne mogą realizować cele nadnaturalne?, Roczniki Filozoficzne 68(2020)4, 89-109.
Bugajak G., Epistemologiczny status koncepcji Wielkiego Wybuchu i jej filozoficzne implikacje, w: Z zagadnień filozofii przyrodoznawstwa i filozofii przyrody, t. 17, red. A. Lemańska, M. Lubański, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2004, 15-112.
Bugajak G., Fears of Science. Nature and Human Actions, w: Knowledge and Values, red. A. Świeżyński, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2011, 157-170.
Bugajak G., Filozofia przyrody a spór o status poznawczy teorii naukowych: Czy filozof przyrody może być realistą?, w: Filozoficzne i naukowo-przyrodnicze elementy obrazu świata, t. 7, red. A. Latawiec, G. Bugajak, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2008, 80-89.
Bugajak G., Kilka uwag o „postulowanej ontologii” teorii naukowych, Studia Philosophiae Christianae 40(2004)2, 315-322.
Bugajak G., Kukowski J., Latawiec A., Lemańska A., Ługowska D., Świeżyński A., Tajemnice natury. Zarys filozofii przyrody, Wydawnictwo Naukowe UKSW, Warszawa 20192.
Bugajak G., Latawiec A., Nauka, filozofia i religia a obraz świata, w: Filozoficzne i naukowo-przyrodnicze elementy obrazu świata, t. 2, red. A. Latawiec, K. Kloskowski, G. Bugajak, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2000, 7-12.
Bugajak G., Lęk przed nauką. Czy postęp naukowy może być niebezpieczny?, w: Bezpieczeństwo człowieka wobec współczesnych i przyszłych wyzwań. Monografia nr 1, red. J. Dębowski, E. Jarmoch, A.W. Świderski, Wydawnictwo Akademii Podlaskiej, Siedlce 2005, 34-40.
Bugajak G., Materia, w: Encyklopedia Filozofii Przyrody, red. Z. Roskal, Wydawnictwo KUL, Lublin 2016, 195-227.
Bugajak G., Naturalizm nauki a działanie Boga w świecie, w: Teologia nauki, red. J. Mączka, P. Urbańczyk, Copernicus Center Press, Kraków 2015, 145-172.
Bugajak G., Nauka i religia – spotkanie na Początku?, Advances in Clinical and Experimental Medicine 10(2001)2, suppl. 1, 31–34.
Bugajak G., Non-scientific Sources of the Big Bang Model and its Interpretations, w: Studies in Science and Theology, vol. 7, red. N.H. Gregersen, U. Görman, W.B. Drees, Aarhus 2000, 151-159.
Bugajak G., Nowa fizyka, Posłaniec 139(2010)1, 52–53.
Bugajak G., O luksusie filozofowania, Roczniki Filozoficzne 54(2006)1, 342–345.
Bugajak G., Philosophy of Nature, Realism, and the Postulated Ontology of Scientific Theories, w: Philosophy of Nature Today, red. A. Świeżyński, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2009, 59-80.
Bugajak G., Początek świata w nauce i religii. W poszukiwaniu możliwości syntezy, Studia Philosophiae Christianae 32(1996)2, 135-147.
Bugajak G., Pojęcie przypadku i jego zastosowanie w analizach teorii naukowych, w: Filozofia przyrody współcześnie, red. M. Kuszyk-Bytniewska, A. Łukasik, Wydawnictwo Universitas, Kraków 2010, 235-245.
Bugajak G., Problem naturalizmu w dialogu nauki i religii, w: Filozofia przyrody, red. S. Janeczek, A. Starościc, D. Dąbek, J. Herda, Wydawnictwo KUL, Lublin 2013, 301-320.
Bugajak G., Problem naturalizmu w dialogu nauki i religii, w: Globalizácia ako platforma prieniku prírodných a humanitných vied. Nové formy komunikácie, red. J. Tiňo, Ústredie Slovenskej Kresťanskej Inteligencie, Bratislava 2009, 37-53.
Bugajak G., Próżnia – pustka – nicość. Czy wszechświat jest fluktuacją próżni?, w: Człowiek i pustka, red. Z. Hull, W. Tulibacki, Olsztyńska Szkoła Wyższa, Olsztyn 2000, 92-100.
Bugajak G., Rozum a wiara – rola filozofii, w: Igor Hrušowsky. Osobnosť slovenskiej filozofie, red. Z. Plašienková, E. Laliková, IRIS, Bratislava 2007, 355-361.
Bugajak G., Skąd wziął się człowiek?, w: Wierzyć i rozumieć, red. G. Dziewulski, M. Marczak, A. Perzyński, J. Wolski, Archidiecezjalne Wydawnictwo Łódzkie, Łódź 2013, 49–52.
Bugajak G., The Beginning of the World in Science and Religion. A Possibility of Synthesis?, w: Studies in Science and Theology, vol. 5: The Interplay Between Scientific and Theological Worldwiews, part I, red. N.H. Gregersen, U. Görman, Ch. Wassermann, Geneva 1999, 151-159.
Bugajak G., Theology and Genetic Engineering: New incarnation of the old conflict?, w: Studies in Science and Theology, vol. 9, red. U. Görman, W.B. Drees, H. Meisinger, Lund 2004, 127–143.
Bugajak G., Tomczyk J., Between Evolution and Creation: A Forgotten Lesson, Omega. Indian Journal of Science and Religion 7(2008)2, 6-21.
Bugajak G., Tomczyk J., Creation and evolution: Towards a coherent picture of world and man, w: God and nature. Selected Issues in the Philosophy and Theology of Nature, red. A. Świeżyński, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2014, 71-93.
Bugajak G., Tomczyk J., Human Origins: Continuous Evolution Versus Punctual Creation, in: Global Perspectives on Science and Spirituality, red. P. Das, Templeton Press, West Conshohocken 2009, 143-164.
Bugajak G., Tomczyk J., Kontrowersje wokół powstania człowieka – wstępna analiza ankiet studentów, Studia Ecologiae et Bioethicae 5(2007), 43-59.
Bugajak G., Tomczyk J., On Evolution and Creation. Problem solved? – The Polish example, Zygon. Journal of Religion and Science 44(2009)4, 859-877.
Bugajak G., Tomczyk J., Wokół ewolucji i kreacji – wstępna analiza ankiet nauczycieli i studentów, Studia Ecologiae et Bioethicae 4(2006), 181-199.
Bugajak G., W chwili zero, Posłaniec 139(2010)2, 48–49.
Bugajak G., Wokół problemu przyczyny Wielkiego Wybuchu, Studia Philosophiae Christianae 31(1995)2, 167-183.
Kłósak K., Z teorii i metodologii filozofii przyrody, Księgarnia św. Wojciecha, Poznań 1980.
Kontrowersje wokół początków człowieka, red. G. Bugajak, J. Tomczyk, Księgarnia św. Jacka, Katowice 2007
Swoistość człowieka? Język, red. G. Bugajak, J. Tomczyk, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2008
Swoistość człowieka? Rozumność, red. G. Bugajak, J. Tomczyk, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2009.
W poszukiwaniu swoistości człowieka, red. G. Bugajak, J. Tomczyk, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2008.